Среди определенного ряда проблем были особенно отмечены следующие:

- Искусственный интеллект далек от совершенства. Вы можете убежать от врагов, нарезая круги возле стога соломы, солдаты падают с крыш, преследуя вас по крышам, а союзники так и не научились бежать вровень с вами - вам то и дело нужно будет останавливаться и ждать их пару секунд.

- Ездить верхом по фронтиру - не лучшая идея. Лошади ни в какое сравнение не идут с паркуром Коннора. Разве что зимой лошадь позволит передвигаться быстрее, в то время как пешего героя снег будет заметно замедлять.

- Как и прошлые части, третья страдает от различных графических глитчей - отмычки не подходят по размерам к замкам, тела врагов и оружие могут парить в воздухе, а повозки не считаются с "припаркованными" скакунами, привязанными к столбам на улицах - они проходят сквозь них.

- Не все так гладко и с камерой - она частенько показывает совсем неудобные ракурсы, а иногда попросту отказывается реагировать на ваши действия.

- Разработчики слишком подчеркнуто расставили маршруты в лесах - очередной путь по ветвям деревьев бросается в глаза даже сильнее чем новый "шорткат" в городе. А вот на каменных поверхностях не всегда удается заметить выпуклости, за которые Коннор может зацепиться.

- Хоть разработчики и обещали нам переделать систему управления, проблема "СТОЙ! Я не туда хотел пойти" вернулась. Один раз журналист потратил около 10 минут, чтобы залезть на выступ потому что Коннор не хотел туда забираться, однако, в конце все-таки смог.