
В Quantum Theory игрокам предстоит вступить в бой с некой "Живой Башней" (Living Tower), которую пытается уничтожить воин по имени Сид. Помогает ему "амазонка" Филена, причем если Сид полагается на огнестрельное оружие, то девушка предпочитает действовать мечом. Залогом успешного достижения цели станет тесное взаимодействие двух персонажей, хотя ставку на совместное прохождение (как, например, в Resident Evil 5) разработчики не делают — Филеной руководит искусственный интеллект.
По собственному признанию авторов, при создании игры они вдохновляются серией Ninja Gaiden, хотя по описанию Quantum Theory больше напоминает последний эпизод Prince of Persia. Там пользователь тоже руководит героем-мужчиной, которому всячески помогает очаровательная напарница, управляемая компьютером.