Несмотря на то, что Ninja Gaiden 3 - достаточно жестокая игра, теперь каждый может попасть в такую ситуацию, когда в какой-то момент противник становится беззащитен, теряет оружие и начинает молить о пощаде. Решение о том, отпустить его или убить, принимает сам игрок. Еще одна новинка этой части состоит в том, что игрок сможет перевоплотиться в огнедышащего дракона, который сможет убивать все живое на своем пути и поглощать жизненную силу своих жертв. В этой форме он будет убивать всех без разбора и пощады.